But
L'Inquisition eut pour but de pallier les déficiences des tribunaux épiscopaux. C'était une juridiction spéciale et permanente. Elle était affranchie de l'autorité des évêques. Son seul but était la défense de la foi catholique. Créée pour lutter contre les Vaudois et les Cathares, elle s'étendit ensuite aux autres hérésies, puis à la sorcellerie en tant que survivance du paganisme et au blasphème.
Fonctionnement
Le tribunal inquisitoire possédait le plus souvent un siège fixe. Les inquisiteurs travaillent par deux. Leur compétence était égale. Ils étaient choisis généralement parmi les franciscains ou les dominicains. Ils étaient assistés d'un personnel nombreux : clercs, tels les notaires, et greffiers, geôliers, etc. Les inquisiteurs réguliers vivaient en marge de la vie conventuelle, ce qui occasionna souvent des tensions entre eux et leur ordre d'origine.
Procédures
Les deux procédures les plus courantes étaient la citation individuelle et l'enquête générale.
La citation individuelle se faisait par le biais du curé.
L'enquête générale était proclamée dans une région entière.
Dans les deux cas, ceux qui refusaient de comparaître se trouvaient excommuniés. En compensation, ceux qui se présentaient en temps et en heure étaient censés n'encourir que des peines légères (voir ci-dessous). Un suspect devait jurer de révéler tout ce qu'il savait sur l'hérésie. Un notaire transcrivait tous les débats. Pour obtenir des informations, les juges pouvaient avoir recours à des délateurs, à de faux témoins, à l'incarcération ou encore, à partir de 1252 (bulle Ad extirpendam), à la torture — sous réserve que soit évitée la mutilation définitive des membres, afin de préserver le corps appelé à ressusciter.
Les protections accordées aux accusés étaient quasiment inexistantes. Par exemple, ils n'étaient pas informés de l'identité des témoins à charge, dont la parole pouvait être suffisante faute d'aveux, ni même parfois des chefs d'accusation. Le tribunal acceptait des témoignages qui auraient été rejetés dans d'autres circonstances : voleurs, prostituées, personnes de mauvaise vie. La présence d'un conseil pouvait être refusée. Même les papes, Clément V par exemple, finirent par s'en émouvoir, en vain. En 1297, Philippe le Bel, lui-même se plaignit de la violence des tortures infligées, ce qui ne l'empêcha pas ensuite de faire torturer les Templiers. Un suspect innocenté un temps pouvait de nouveau être appelé à comparaître plus tard. L'Inquisition jugeait même des cadavres, qui étaient déterrés et brûlés si le mort était reconnu coupable.
Sentences
Le tribunal inquisitoire n'infligeait pas de peines à proprement parler, mais des « pénitences ». Les moins graves étaient appelées « pénitence arbitraire ». C'étaient la fustigation publique au cours de la messe, les visites aux églises, les pèlerinages, l'entretien d'un pauvre, le port de la croix sur les vêtements, etc. En revanche, les autres encouraient la prison à vie, bien que la peine fût souvent réduite par la suite. La prison connaissait deux modes possibles : le « mur étroit » (réclusion solitaire) et le « mur large », moins sévère. Le relaps ou l'obstiné, qui refusait d'avouer son crime, était abandonné à l'autorité séculière, qui le condamnait au bûcher. La peine était relativement rare. L'inquisiteur Bernard Gui en prononça 40 dans sa longue carrière. La peine du feu permettait de ne pas laisser de relique aux partisans du condamné.
Réformes
Les succès de l'Inquisition en vinrent à gêner les autorités, civiles comme ecclésiastiques : la machine s'emballait, les inquisiteurs étaient de moins en moins contrôlables. Innocent IV par exemple tenta de rétablir sa tutelle sur eux, plaçant ceux de la région d'Agen sous le contrôle de l'évêque du diocèse, en 1248. Outrés, les juges dominicains se démirent. Il y eut aussi des rivalités entre les deux ordres mendiants, à un point tel qu'en 1266 le pape dut intervenir. Malgré tout, l'Inquisition sortit victorieuse de son bras de fer avec la papauté : les juges obtinrent le droit de se relever mutuellement de l'excommunication, et de ne plus être contrôlables par les légats pontificaux. Sous Urbain II, l'Inquisition atteignit son pinacle : elle avait des antennes partout et était libre de ses mouvements.
Le pouvoir de l'Inquisition devint par trop dangereux : le 22 janvier 1588, Sixte V la réforma en réorganisant la curie. Saint Pie X la réforme à son tour le 29 juin 1908 et lui donne le nom de « Sacrée congrégation du Saint-Office ». Enfin, la réforme du 7 décembre 1967, Paul VI lui donne son nom actuel de « Sacrée congrégation pour la Doctrine de la foi ».